L’ACMSE a été crée en raison de difficultés médicales spécifiques qui se sont parvenues lors des Jeux olympiques d’été du Mexique en 1968 et a été incorporé officiellement le 8 juin 1970. À partir de ce temps, l’Académie a évolué d’une organisation fournissant des soins médicaux pour les athlètes de haute performance lors d’évènements internationaux à devenir une ressource éminente d’information et d’expertise dans le domaine de la science et l’art qu’est la médecine du sport et de l’exercice.
Les affaires de l’ACMSE sont gérées par un comité d’administration qui est élu annuellement. Le bureau de l’Académie est installé à Ottawa. Les coûts d’opération sont couverts par les frais d’adhésion des membres, les commanditaires d’entreprises, les collectes de fonds et les dons charitables (l’ACMSE est enregistré en tant qu’organisation charitable).